2029 metai, dveji metai po „Human Revolution“ įvykių. Žmonija dar labiau priešinasi augmentacijoms. Adam’as Jensen’as turi stoti į kovą su teroristine organizacija, reikalaujančia lygybės su augmentuotaisiais žmonėmis ir gauti atsakymus į visus neatsakytus klausimus, susijusius su įvykiais prieš dvejus metus.