Žaidime reikės keliauti tarp fizinio (tikrojo) ir skaitmeninio pasaulio, pasinaudojant elektromagnetinėmis bangomis, kurios vadinasi „bangos keliais“. Pagrindinis veikėjas Geo Star gali matyti šias bangas pasinaudodamas savo unikaliais intrumentais. Jau patekęs į skaitmeninį pasaulį, Geo gali susijungti su vietine elektronine gyvybės forma Omega-Xis ir tapti Mega Man.