Niujorkas jau nebe toks, kokį jį matėme antrojoje „Crysis“ dalyje. Dabar tai pusiau tropinės džiunglės iš „Crysis“, pusiau didmiestis iš „Crysis 2“.

Pagrindinis herojus vardu Prophet grįžta į neatpažįstamai pasikeitusį Niujorką. Ten jo laukia „Cell“ korporacijos pajėgos bei nesuskaičiuojami pulkai ateivių.

Žadama, kad pagrindinis veikėjas dėvės atnaujintą nano-kostiumą bei galės šaudyti iš stulbinamai galingo lanko.